O iBooks usa os formatos epub, ou pdf, padrão da indústria.
Marque o calibre (calibre pronunciado), é um programa que roda no Windows / Mac / Linux, ótimo para gerenciar e-books.
A loja da Apple contém DRM e e-books não criptografados por DRM. É possível exportar um ebook do iTunes e lê-lo no seu PC ou colocá-lo em um dispositivo que não seja da Apple (verifique com o contrato de licença da Apple antes de fazer isso).
Você não pode ler um e-book criptografado por DRM em um dispositivo que não seja da Apple.
Infelizmente calibre não pode comprar livros da Apple Store, você precisará encontrar os livros de outra fonte (como a amazon).