Coloque isso no arquivo de lote:
REM Usage: ZipFilesRecursively.bat "C:\My Files"
for /R "%~f1" %%F in (*) do 7z a "%%~dpFfiles.zip" "%%F"
Ele compacta todos e somente todos os arquivos em files.zip
archive criado no diretório C:\My Files
e em todos os seus subdiretórios.