Depende da aplicação. O USB 2.0 é, obviamente, muito mais lento que o SSD, por isso, se o seu programa ler / escrever ficheiros grandes com frequência, o resultado poderá por vezes não ser aceitável.
Mas o SSD tem outra vantagem, que é o tempo de busca super rápido. O Visual Studio geralmente acessa muitos arquivos pequenos aleatoriamente, de modo que ainda pode se beneficiar do IO aleatório rápido do SSD. O Windows 8 suporta seus próprios Windows To Go , que é recomendado para rodar em USB 3.0, mas também funciona bem em USB 2.0, então em geral, a velocidade é aceitável.
Eu recomendo atualizar para um PC USB 3.0 ou instalar uma placa USB 3.0. Mas se você realmente precisa instalar um sistema operacional em USB 2.0, tente a compactação NTFS. Isso melhorará um pouco a velocidade do disco