Este é um exemplo perfeito de um grande problema para resolver, mas a pergunta errada a ser feita. Você já está trabalhando com os dados de entrada em R, então por que não processá-los lá? O PDF é essencialmente binário, então você está sem sorte em fazer qualquer coisa com ele como está.
Sua melhor aposta é pré-processar os dados em R antes de criar o PDF (é para isso que o R foi criado, afinal de contas). A melhor maneira de resolver isso seria percorrer seus dados de entrada e excluir todos os outros pontos que compartilham as mesmas coordenadas dentro de um determinado limite. Eu iria envolvê-lo em uma função, então você poderia experimentar com diferentes limites - mas tenho certeza que você entendeu a idéia.
Não complique demais as coisas, introduzindo níveis desnecessários de abstração e formatos de arquivo adicionais. Você já tem os dados , trabalha com os dados .
Acredito que as seguintes perguntas do Stack Overflow podem ajudar:
Por último, você pode considerar o uso de um heat-map, se aplicável, pois isso pode mostrar as mesmas informações (a cor representa a densidade de pontos encontrados em determinadas áreas), embora sem a necessidade de renderizar individualmente cada ponto de dados. / p>