O Flash não sabia disso, só recentemente, então tente atualizar o flash e baixar o mais recente. Os recursos mais recentes incluem tela cheia somente em um monitor.
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Se eu reproduzir um vídeo do Hulu em um navegador em um monitor e clicar no botão "tela cheia", o vídeo assumirá a tela inteira. Mas uma cópia do vídeo também pega minha segunda tela. Mas eu não estou executando meus dois monitores no modo espelho. Estou usando um chip gráfico Radeon HD 4650.