O controlador RAID fica entre o sistema operacional e os discos conectados a ele. No seu caso, o controlador RAID pega 2 discos físicos e cria 1 volume lógico. Quanto a como o sistema operacional está em causa, só pode ver o volume lógico. Ele sabe se há 1 disco, ou 1000. Tudo o que ele vê é o que o controlador RAID apresenta.
É proprietário? A resposta é realmente baseada no chipset do controlador RAID. Substituir a placa pelo mesmo chipset deve permitir que você continue sem fazer nada extra. Um chipset similar pode ser usado sem trabalho extra também. Você teria que entrar em contato com o fabricante do cartão para ver se eles são compatíveis. Uma marca diferente de cartão, com um chipset diferente, não seria capaz de ler a configuração RAID de outro chipset.
Se você comprar um cartão com um controlador RAID diferente, poderá ser capaz de fazer isso. Deixe o controlador RAID antigo com uma unidade conectada a ele. Está apenas sendo executado em um estado de não redundância. Instale a nova placa controladora RAID e conecte a outra unidade a ela. Espero que você possa criar um novo volume RAID (espelho) com um disco. A maioria dos controladores RAID modernos permitem que você faça isso. Você pode copiar todos os dados do disco antigo para o novo. Se é uma unidade de inicialização, você pode cloná-lo.