Você já tentou AutoRuns ? Faz parte da suíte Microsoft Sysinternals. Isso deve mostrar tudo o que você precisa para tentar diagnosticar o problema, se realmente for um problema de inicialização. Além disso, eu não procuraria apenas o shutdown.exe como uma verificação de vírus e a verificação de malware talvez seja importante nessa máquina, já que ela não parece muito maliciosa.