O Unetbootin não grava simplesmente as imagens ISO na unidade de destino, o que sobrescreveria os dados existentes. Em vez disso, ele extrai o conteúdo da imagem, copia-os e grava seu próprio setor de inicialização posteriormente. Um teste rápido confirma que o Unetbootin mantém os arquivos existentes no lugar.
No entanto, embora o software não possa remover cegamente tudo ao criar uma unidade inicializável, também não é cauteloso quanto ao conteúdo. Isso não é exclusivo do Unetbootin. A alteração de setores de inicialização é uma operação perigosa na qual os dados podem ser perdidos de qualquer maneira, especialmente de unidades removíveis, que podem ser desorganizadas nesse nível.
Isso pode ser feito, e o software que você usou anteriormente é muito adequado, mas o risco de perda de dados é inevitável. Faça backups.