O erro referente a remoção do repositório antigo estava no meu relacionado ao pkexec que não foi encontrado (não pergunte como ele desapareceu).
Eu baixei e instalei o pacote policykit-1:
wget http://launchpadlibrarian.net/150623542/policykit-1_0.105-3ubuntu3_amd64.deb
sudo dpkg -i policykit-1_0.105-3ubuntu3_amd64.deb
Você deve se adaptar ao pacote que pertence à sua versão de distribuição