Seu laptop na verdade tem apenas um único ventilador que resfria a CPU e a placa Gfx:
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Assim, se a placa Gfx ou a CPU aquecerem, ela girará o ventilador e criará o ruído que você está ouvindo (a menos, é claro, que seja um HD quase quebrado ou um CD na unidade).
No que diz respeito a consertar o problema, se o Fedora não tiver algum suporte para o módulo específico de gerenciamento de energia usado em seu laptop, você pode estar sem sorte. Talvez tente procurar pelo gerenciador de pacotes para ver se há algum pacote de gerenciamento de energia ou ACPI que você está perdendo.
No que diz respeito ao descarregamento da placa ATI, tente acessar as configurações do BIOS e procure uma configuração que escolha qual placa Gfx inicializar primeiro. Escolha o on-board lá.