A execução a partir do prompt de comando não funcionará de maneira muito diferente do que com o Windows Explorer.
Alguns programas ZIP, como o 7-Zip , podem alavancar várias CPUs para acelerar a tarefa de compactação.
O 7-Zip pode ser usado no Windows Explorer ou na linha de comando. O desempenho será o mesmo, basta selecionar a interface com a qual você está mais confortável.