Não. A maioria dos programas Linux não se preocupam com limites de disco ou ponto de montagem e usam a mesma codificação para todos os nomes de arquivos em todos os lugares.
No entanto, a maioria dos utilitários ainda tratam nomes de arquivos como strings de bytes, portanto não deve haver problemas com a cópia ou o uso de arquivos nomeados em codificações estranhas. (Por exemplo, renomeei alguns dos meus arquivos para ISO-8859-13 e ainda posso abri-los em programas de linha de comando ou GNOME, embora o KDE tenha problemas.)
Você pode usar ferramentas como convmv para renomear todos os arquivos para nomes UTF-8 - em sua cópia ou diretamente no disco original:
convmv -f gbk -t utf-8 -r /mnt/old-disk
(No Linux, é possível escrever sistemas de arquivos de sobreposição usando o FUSE, que poderia apresentar os arquivos de um determinado caminho usando uma codificação de nome diferente. Eu não sei se esse sistema de arquivos existe, no entanto. bindfs tem um de propósito semelhante, mas traduz apenas a propriedade / permissões de arquivos. De qualquer maneira, estou mantendo minha recomendação de converter apenas todos os nomes para UTF-8.)