Qual sistema linux você instalará?
Independentemente disso, o Linux irá criar suas próprias partições. Quando você instalá-lo, ele solicitará espaço, na forma de espaço não alocado ou uma partição que pode ser removida. Você seleciona espaço ou uma partição (de tamanho suficiente) e cria pelo menos duas partições nesse espaço.
Para ter espaço para seus arquivos, use o Gerenciamento de disco no Windows para particionar a unidade externa. Você pode escolher o tamanho das partições; dependendo do seu uso de pacotes no Linux, essa partição exigirá, no mínimo, algo em torno de 8GB, mas mais pode ser útil. O resto pode ser sua partição de dados.
Quando você instalar o Linux, selecione esta partição para instalá-lo.
Para responder sua pergunta; O Linux escolherá seu próprio sistema de arquivos no processo de instalação. Sua escolha é um pouco arbitrária.
Ele também mostrará três partições / discos diferentes ao conectar-se, mas devido às janelas do sistema de arquivos Linux talvez não consiga abrir a partição Linux; É por isso que você precisa de uma partição de dados separada.
Edit: Como Sekhemty apontou, o Linux não força você a usar certos sistemas de arquivos. Minhas desculpas, eu não sabia.