Você pode fazer isso forçando um retorno de carro.
Uma maneira de fazer isso é acrescentar um caractere control-M no final. Uma maneira típica de fazer isso no shell é pressionar ctrl-v primeiro e, em seguida, pressionar Return . O ctrl-v informa ao shell que o próximo pressionamento de tecla deve ser incluído literalmente. Isso evita que Return termine a linha e envie o comando.
Então seu comando seria algo como:
screen -S minecraft -X stuff 'ls^M'
Onde a parte ^M não é literalmente esses caracteres, mas na verdade o resultado de pressionar ctrl-v seguido por Return .