Sua versão do FFmpeg não possui um codificador de MP3. Ele só pode decodificar, conforme indicado pelo "D" na saída da linha de comando.
Se você mesmo criou, instale o LAME antes - isso depende da sua distribuição - e depois reconfigure-o --with-libmp3lame
.
Ou escolha uma versão estática na página de download do FFmpeg .
Isso deve lhe dar acesso ao codificador MP3 padrão de fato.