Você pode atribuir o id da janela "Principal" a uma variável e, em seguida, no final do script, fechar todas as janelas cujo ID não corresponda ao da janela "Principal". A parte AppleScript pode ser ao longo destas linhas:
tell application "Terminal"
set mainID to id of front window
-- insert your code
close (every window whose id ≠ mainID)
end tell
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#!/bin/sh
killall python
osascript -e 'tell application "Terminal"' -e 'set mainID to id of front window' -e 'close (every window whose id ≠ mainID)' -e 'end tell'