Use o hífen para a marca de som prolongada. No seu caso, você digitaria "wa-". Mesmo se você não usar o modo Katakana, ao pressionar o espaço, o hífen é substituído pelo "ー".
Eu uso o Anthy IME com o ibus. Eu sei que eu posso mudar uma palavra para Katakana com a tecla F7, mas quando eu faço isso, quaisquer vogais longas são mantidas como duas katakanas sílabas regulares. Ou seja, wa あ (waa - esta não é uma palavra real, tanto quanto eu sei) seria convertida para ワ ア. Eu preciso substituir o ア pela marca de alongamento, que é semelhante a um hífen. Como fazer isso?