dd não sabe nada sobre partições; ele apenas lê ou escreve qualquer dispositivo de bloco no qual você aponta. Se você apontar para o dispositivo de cartão inteiro, ele fará o backup de todo o cartão.
Você pode fazer backup apenas do primeiro setor do dispositivo de cartão inteiro para obter a tabela de partições e fazer o backup de cada dispositivo de partição individual. Isso significa que seu backup consistirá em vários arquivos, mas incluirá apenas partições, não espaço não particionado.
Ou você pode abrir mão do dd, e usar a Partimage , que é uma cópia bloco-a-bloco tipo dd mas entende sistemas de arquivos e apenas copia blocos que são realmente parte de um arquivo, então você evita fazer backup de "espaço livre" dentro da partição também.
Ou você pode simplesmente montar o cartão e fazer backup dos arquivos usando tar ou rsync ou o que for.
Voltando ao dd, você poderia preencher as áreas não particionadas com zeros e compactar o arquivo de backup. As regiões zeradas devem compactar praticamente nada.