Já experimentou o bootchart (confira o link ) que mostrará todas as etapas do processo de inicialização e ajudará a localizar onde os atrasos são.
EDIT: desculpas por não ler o post totalmente ... viu o seu diagrama de bootchart mas infelizmente ele só mostra apenas 60s no valor de informação. Você pode querer verificar além dos anos 60 para ver qual processo está atrasando as coisas.