Se N = 100, então é muito fácil desmembrá-los. O seguinte irá apagar todos os arquivos que não terminam em 00.vtk
find -name '*.vtk' -not -name '*00.vtk' -exec rm {} +
Então isso deixaria 100.vtk, 200.vtk etc
Depois, para torná-los contíguos, você pode remover o 00:
rename 00.vtk .vtk *.vtk
Isso pressupõe renomeação posix padrão. Se você tem a renomeação do perl instalada, é:
rename 's/00.vtk/.vtk/' *.vtk