Com o sox você pode editar arquivos de áudio na linha de comando Se você precisar de exatamente um segundo, isso extrairá o segundo entre 00:16 e 00:17
sox input.wav output.wav trim 00:00:16 00:00:01
O primeiro argumento de trim é o início do trim e o segundo é a duração.
Se você usar o comando soxi , poderá obter a duração do seu arquivo de áudio.
Se você conseguir fazer um pequeno script que obtenha a duração do seu arquivo e use um número aleatório menor que esse período, acho que você é bom:)