Seu problema não está na diferença entre as arquiteturas de 64 e 32 bits. Isso é um aviso, e o servidor deve continuar em execução (embora você esteja limitado a 2 Gb de dados em 32 bits). O que você está realmente enfrentando é a seguinte linha:
Unclean shutdown detected.
Please visit http://dochub.mongodb.org/core/repair for recovery instructions.
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Sat Aug 11 22:57:50 [initandlisten] exception in initAndListen: 12596 old lock file, terminating
Isso significa que o banco de dados foi encerrado com força e não foi limpo após ele mesmo. Você deseja executar 'mongod --repair' para limpar bloqueios antigos e trazer o banco de dados de volta ao normal.
Preste atenção na parte em que é recomendada a exclusão do arquivo de bloqueio.