Acabei de testá-lo no Windows 8 e consegui que a pasta também desaparecesse do painel esquerdo, embora eu precise fechar o Windows Explorer e abri-lo novamente.
Então você tem que reiniciar o Windows Explorer ou porque eu estou usando o Windows 8 em vez de 7.
Editar: verifique também se "Mostrar todas as pastas" está desmarcado em "Extras" - > "Opções de pasta" (está na barra de menus na parte superior do Windows Explorer).