O Cygwin requer finais de linha Unix, como já foi observado. Então, ao invés de terminar cada linha com Carriage Return Line Feed (CRLF), você precisa terminar cada linha com apenas um Line Feed (LF) AKA Newline.
Muitos editores de texto permitem converter os finais de linha. O próprio Cygwin pode converter o arquivo usando a ferramenta de linha de comando d2u
.