Bem, eu espero que você tenha percebido isso nos 3 anos desde que você perguntou, mas isso sempre funcionou para mim. Eu estou usando um exemplo aqui para auto-ignorar byobu ...
sudo apt remove byobu # for example purposes...
sudo apt install debconf-utils
debconf-set-selections <<< 'byobu byobu/launch-by-default boolean true'
sudo apt install byobu
Claro, isso funcionará para qualquer pacote. Você sabe disso, tenho certeza, mas corra:
debconf-get-selections | less
para procurar por itens interessantes para o seu pacote.