O protocolo sftp possui recursos de keep alive, mas eles não são expostos no cliente filezilla.
Ainda não acredito que tal cenário seja necessário. Eu não estou conseguindo reproduzir o seu problema. Eu tive uma conexão Filezilla aberta para o meu servidor ssh Ubuntu por mais de 20 horas sem qualquer desconexão.
Então eu acredito que esse problema está relacionado à rede. Você se conecta a esta máquina através de um firewall / wobbly wifi? ou a máquina tem algum tipo de software de filtragem de pacotes instalado e configurado como iptables ou fail2ban
Parece mais provável que esse seja o motivo das suas desconexões.