Essas conversões variam de acordo com o tipo de arquivo. Uma imagem armazenará metadados de maneira diferente de um documento, que armazenará metadados de maneira diferente de um vídeo. Mesmo tipos diferentes de arquivos de coisas semelhantes (por exemplo, BMP e JPG) armazenam seus metadados de maneira diferente.
Assim, você precisará de aplicativos exclusivos para cada um deles.
Para imagens, você deve ser capaz de usar o IrfanView, o que será útil, pois pode processar facilmente grandes quantidades de arquivos.
Para documentos, o MS Office possui certos recursos ou processos, conforme definido pelo MS, como minimizar os metadados incluídos nos documentos. Infelizmente, a documentação do MS lida principalmente com versões antigas.
Para as versões 2003, há uma ferramenta do MS para remover os metadados: link
Para versões anteriores a 2003, o MS possui documentos sobre como remover essas informações: link
Para as novas versões do escritório, o Payne Consulting Group tem um limpador (eu trabalhei em uma grande firma de advocacia que usava isso para o Office 2010), mas eu imagino que seja horrivelmente caro. Há também o iScrub e outro limpador documentados em um artigo da Tech Republic: link
Encontrei um artigo da Microsoft sobre como inspecionar e limpar documentos sem usar outras ferramentas. É manual, mas já está incluído nos produtos MS e a solução funciona na versão 2010: link