A instalação do java instala uma extensão do shell do Windows. No entanto, o Java é projetado para permitir que várias versões sejam executadas simultaneamente e sobrescrever uma variável global, como o PATH está apenas solicitando problemas (especialmente se você instalar o tempo de execução mais antigo depois de um tempo de execução mais recente).
Suas opções são (Em ordem do que eu faria):
- Faça seu programa funcionar com o seu lançamento clicando duas vezes nele a partir do shell.
- Compile um exe que lança o Jar (isso é o que o Minecraft faz)
- Crie um atalho que especifique explicitamente
java
oujavaw
e passe seus argumentos. - Inclua um script de ativação que defina todas as variáveis de ambiente para o console em que você está executando, mas não as torne permanentes.
- Crie um instalador que modifique o PATH.
A maioria das pessoas prefere a opção 1, mas se você tiver que passar argumentos, talvez tenha que fazer 3 ou 4. Eu sugiro que você fique longe de 5, já que gosto de escrever código que não faça mudanças globais no sistema.