O culpado mais provável é um arquivo excluído (ou arquivos) que ainda estão abertos por um processo. du
conta apenas o uso do espaço em disco na árvore de diretórios que você passa e, como o arquivo não está mais na árvore de diretórios, ele não é contado. df
, por outro lado, conta o uso do sistema de arquivos que inclui descritores de arquivos abertos. Para verificar os processos em execução que possuem descritores de arquivos abertos para arquivos excluídos, use:
lsof | grep "deleted"
Mate ou reinicie qualquer processo que você encontrar (use o PID na segunda coluna) e isso deve resolver o problema.