O certificado do Windows Hardware Quality Labs é um certificado digital fornecido ao driver (e outro) software assinado com a chave privada da Microsoft. A Microsoft só assina drivers que foram submetidos a eles para testes, junto com uma taxa modesta (cerca de US $ 250,00).
O VirtualBox instala drivers, mas nunca (até onde eu saiba) enviou os drivers para a Microsoft para certificação. Milhares de pessoas usam o VirtualBox sem efeitos nocivos (inclusive eu). Se você está procurando uma ferramenta de virtualização que ofereça suporte a convidados Linux e WHQL, acredito que o VMWare é sua melhor aposta (já que a ferramenta VirtualPC da Microsoft não suporte a convidados não-Windows.)
O Windows XP possui três níveis de imposição de WHQL: Ignorar, Avisar e Bloquear. O padrão é Warn, que avisa o usuário antes de instalar um driver não assinado. Os efeitos de Ignorar e Bloquear devem ser evidentes: Ignorar desativa as verificações de WHQL, Bloquear evita que drivers não assinados sejam instalados. Você pode alterar a configuração no Painel de controle do sistema .