Com óculos vermelhos e azuis, sim - e você não precisa de nenhum software especial . Se você quiser apenas testar seus óculos, o YouTube tem vários clipes em vermelho-azul para começar. Procure por "anaglyph".
EDIT: A menos que você queira converter vídeo 3D de diferentes formatos para vermelho-azul.
Com os óculos piscantes, você precisará de pelo menos um monitor que suporte a taxa de atualização de 100-120 Hz para ver confortavelmente.
Com óculos polarizados, você precisa de um monitor / tv com capacidade de polarização.