A maioria dos instaladores de programas no Windows perguntam onde você gostaria de instalar o programa. Você pode escolher um lugar fora da pasta Arquivos de Programas, mesmo em outro disco.
Outro truque: Com discos de formato NTFS no Windows 7, você pode usar pontos de junção e links simbólicos para criar uma estrutura de pastas simples que realmente cruza entre discos. Out-of-the-box você só pode criar pontos de junção / links simbólicos usando o prompt de comando, mas há um monte de ferramentas de terceiros para que se integrem no Windows Explorer. Veja: Existe alguma ferramenta GUI para gerenciar a criação de links simbólicos?