Eu uso feh para realizar isso e ele funciona no debian e ubuntu com windowmaker e wterm (rxvt base):
Trecho:
When using GNOME, you must disable Nautilus from controlling the desktop. The easiest way is to run this command:
$ gconftool-2 --set /apps/nautilus/preferences/show_desktop --type boolean false
Eu ficaria curioso se isso ajuda, já que parece que o problema não é com o próprio plano de fundo no X, mas alguma outra ferramenta boba do gnome (na verdade, a antiga escola ainda usando o gnome ?!;)