Ele não deve afetar o desempenho do seu sistema (fora de ter que carregar alguns drivers adicionais), a menos que você esteja acessando todas as unidades de forma simulativa. Nesse caso, o barramento de interface da unidade (IDE / SATA) pode saturar, fazendo com que as taxas de transferência para as unidades diminuam.
Se você deseja desativar algumas dessas unidades, você tem duas opções. Você pode desativar o hardware real, indo para o Gerenciador de dispositivos e desativando o próprio dispositivo de disco rígido. Como alternativa, você poderia ir para o Gerenciador de discos lógicos e revogar (ou seja, desmontar) a letra da unidade dessas unidades específicas, limitando efetivamente seu acesso a elas. Então, se você precisar acessar a unidade no futuro, poderá defini-la como uma letra de unidade diferente.