A mistura de portage com entropy leva a problemas. Eles são métodos um pouco diferentes de gerenciar seus pacotes de sistema e infelizmente nem sempre cooperam muito bem. Eu tive problemas semelhantes há algum tempo e finalmente acabei transformando meu Sabayon completamente em Gentoo , com o qual eu já me sentia confortável. Se você realmente quiser continuar misturando entropy com portage , o wiki do Sabayon pode ser útil para você.
Neste caso em particular, a melhor solução seria primeiro remover app-crypt/pinentry-qt4 e app-crypt/pinentry-base (via entropia) e então tentar novamente thunderbird .
Em outros casos, especialmente quando não há proprietários de arquivos encontrados, você pode usar a variável COLLISION_IGNORE para forçar o surgimento de um pacote, apesar das colisões. Mas faça isso com extrema cautela , pois você pode quebrar seu sistema, sobrescrevendo coisas das quais outros pacotes dependem. A variável precisa indicar qual parte da árvore de diretórios do sistema deve estar desprotegida , portanto, no seu caso, seria suficiente executar COLLISION_IGNORE="/usr" emerge -1 app-crypt/pinentry (o -1 está lá para evitar que pinentry caia no seu arquivo world .