Não há nenhuma razão para isso ser diferente - o windows 8 tem as mesmas APIs que o windows7 (e certamente não a emulação cygwin / posix), com a adição das janelas relacionadas a coisas modernas. Existem que parecem ser opções para rodar o hadoop sem cygwin, embora pareça por aí, a opção mais indolor pode ser rodar o hadoop em um linux vm.