Sua pergunta é realmente muito difícil de responder, já que depende principalmente de um laptop específico e de como funciona o resfriamento. Eu, por exemplo, tenho apenas uma placa de vídeo discreta e nunca tive problemas com superaquecimento.
Em laptops projetados adequadamente, o sistema de refrigeração deve ser capaz de medir a temperatura e ajustar a velocidade do ventilador sem intervenção do sistema operacional. Eu ouvi (mas não consegui encontrar nenhum número de modelo) que alguns laptops realmente dependem de drivers para controlar o sistema de refrigeração e que pode não funcionar bem se os drivers não estiverem carregados. Esta definitivamente é uma informação preocupante. Além disso, um sistema de resfriamento adequadamente projetado deve ser capaz de manter a temperatura baixa quando o laptop estiver usando o cartão discreto sem nenhum problema, mas alguns projetistas podem escolher que o baixo ruído é mais importante do que o laptop legal, para tentar manter a temperatura elevada para diminuir o ruído.
Na minha opinião, a melhor maneira de ter certeza é fazer um pequeno teste. No Windows, mude para o cartão discreto e execute um aplicativo com gráficos pesados, como jogos de computador, por exemplo. Em seguida, verifique a temperatura do laptop. Também pode ser uma boa idéia tocar o laptop na área próxima ao dissipador de calor, já que os sensores de temperatura podem não funcionar "fora da caixa" na distribuição escolhida. Então, quando você mudar para o GNU / Linux, certifique-se de verificar a temperatura depois de um tempo.
Não vejo outra maneira de lidar com o problema, a menos que um usuário desse laptop em particular apareça e nos forneça as informações de que você precisa.
Também, até onde eu sei, versões recentes da nVidia proprietária parecem funcionar bem, então você não deve ter nenhum problema com elas.