Não. Em primeiro lugar, os vírus costumam ser específicos da plataforma. Em segundo lugar, o livecd está sendo executado em memória RAM, e o sistema básico é somente leitura, com qualquer alteração sendo ignorada ou em um sistema de arquivos de sobreposição.
O sistema operacional instalado afeta o sistema de arquivos de modo algum.
Se a segurança é a principal consideração, os livecds são perfeitos - você pode verificar se eles não foram adulterados e, se você desligar o sistema, todos os dados serão perdidos.