Essas notificações são criadas por Growl .
Você não precisa instalá-lo para obtê-los (pelo menos nas versões mais recentes do Growl). Desde que o Growl foi recentemente adicionado à Mac App Store como um aplicativo comercial, eles de outra forma assustariam os desenvolvedores responsáveis por seu sucesso (suportando-o). Eles afirmam :
[...] Growl itself is no longer required in order to display a notification. The 1.3 SDK allows for applications to generate Growl notifications without Growl installed. This is called "Mist" and is a new feature of the 1.3 SDK. Thus, Growl becomes the "pro" version of Growl when allowing you to customize the notifications, and the "free" version is the built-in notification.
O Skype usa o Growl (aparentemente em uma versão mais antiga) para gerar suas notificações, e seu cliente do Twitter também: