Se você está em uma máquina Windows, então você pode já ter (ou pode facilmente obter) o Windows Powershell. Dado um arquivo CSV chamado Info.csv com conteúdo como este:
Lat, Long
56 35 42, 73 55 21
12 55 12, 155 23 42
Isso produziria a conversão, desde que eu tenha obtido a fórmula diretamente no wiki:
Import-csv C:\Path\To\Info.csv | Select @{n='Lat'; e={[int[]]$p = $_.Lat.Split(' '); $res = $p[0] + ($p[1]/60) + ($p[2]/3600); return "{0:N6}" -f $res}}, @{n='Long'; e={[int[]]$p = $_.Long.Split(' '); $res = $p[0] + ($p[1]/60) + ($p[2]/3600); return "{0:N6}" -f $res}}
O que dá um resultado como este:
Lat Long
--- ----
56.595000 73.922500
12.920000 155.395000
No entanto, para ser sincero, você provavelmente deve escrever como um script e fazer todas as coisas boas que você sempre deve fazer, como validação de dados.