1) Tem um backup? Em caso afirmativo, restaure a partir do backup
2) O arquivo SYSTEM pode estar corrompido. Tente executar um CHKDSK x: /f /r
na partição do Windows XP a partir do Windows 2000, ou então CHKDSK x: /f /p
do Console de Recuperação do XP (pode ser necessário repetir no console de recuperação).
Na minha experiência, é uma chance de 50/50 de usar a opção de reparo no XP. Às vezes funciona, às vezes não. O melhor que posso sugerir é tentar