Sim, você pode, os discos de recuperação restaurarão todas as partições originais, se necessário.
Não vejo problema em excluir e formatar essa partição em um SSD.
Gostaria de inicializar a partir do primeiro disco apenas para ter certeza de que ele carrega o gerenciador de recuperação e está satisfeito com o seu hardware e modelo, antes de excluir essa partição.