Você parece estar um pouco confuso aqui, talvez.
O Samba (CIFS) e o iSCSI são dois protocolos muito diferentes. O Samba apresenta um destino de armazenamento em nível de arquivo, e o iSCSI apresenta o armazenamento em bloco, você sabe, um disco em que você coloca um sistema de arquivos.
Com relação à sobrecarga, o CIFS é provavelmente um pouco mais alto, já que há uma camada de bloqueio e outros serviços em nível de arquivo para garantir que os arquivos permaneçam em um estado razoável.
Eu sei que muitas SANs iSCSI utilizam o descarregamento de TCP na placa de rede, então você pode achar que elas são menos intensivas em CPU no servidor.
Sugiro que você execute alguns testes de benchmark, possivelmente com o bonnie ++ ou até mesmo com o seu uso normal para ver como obter o melhor desempenho, tanto no servidor quanto no cliente.