O espaço ausente é mais provável na Lixeira ou em outras pastas ocultas. Dependendo da sua versão do sistema operacional, ele também pode estar em outras pastas do usuário se você tiver o UAC ativado.
Sempre que preciso descobrir para onde foi o espaço em disco, geralmente uso WinDirStat . Isso torna muito fácil ver o que está usando o espaço em disco. Eu também normalmente uso o CCleaner para limpar o disco de lixo desnecessário na forma de arquivos temporários e tal. Tenha cuidado com este último, no entanto, como você está excluindo arquivos com ele.