Você pode colocar o programa onde quiser. A maioria dos programas se comportará. Você precisará modificar as chaves de registro alteradas no programa de instalação.
Provavelmente, o melhor lugar para colocar um programa IMO seria a área de Appdata. Somente alguém com credenciais de administrador pode acessar essa parte do seu perfil, fora de você.
Se você não quiser que os administradores executem o programa, será necessário usar a criptografia EFS. Basta ir em Propriedades / Avançado quando você clica com o botão direito nos arquivos.