Iniciar uma instância (com o UEC) é como iniciar um computador pela primeira vez, todas as vezes. Por padrão, com o UEC Cloud, quando você encerra sua instância, toda a modificação da própria instância é perdida.
Uma maneira de manter o estado da sua instância seria definir a variável MANUAL_INSTANCES_CLEANUP como 1 (no arquivo eucalyptus.conf no servidor CC). Isso impedirá que o sistema exclua os arquivos da instância (imagem, kernel e ramdisk) no NC. Você pode copiar esses arquivos de volta para o CLC (ou onde está o Walrus) e enviá-los como sua última versão.
Pessoalmente, prefiro modificar minhas imagens executando-as com o KVM na linha de comando. Dessa forma, tudo que faço é salvo diretamente na imagem. Eu repito este passo até que eu esteja feliz com a imagem, então eu a carrego no CLC (Walrus).