O Kaspersky não deve conseguir detectar o vírus na própria máquina virtual, apenas o vírus no seu computador.
Não há muito o que fazer além de desabilitar o Kaspersky ou usar uma exclusão na pasta que contém o malware que você deseja copiar para a máquina virtual.
Uma maneira muito mais segura é contornar o Kaspersky e fazer o download direto do malware direto da fonte para a máquina virtual diretamente.