Tente desativar Pesquisa global e indexação . Você pode desativá-lo acessando Opções / Preferências ( Ferramentas > Opções no Windows, Editar > Preferências no Linux , clicando em Avançado . A opção Pesquisa e indexação global está na guia Geral .
Eu tive o mesmo problema por um longo tempo. Eu não consegui consertá-lo reinstalando o Thunderbird, criando um novo perfil e até mesmo reinstalando meu sistema operacional (por um motivo diferente).