A ativação deve funcionar sem problemas. Eu fiz isso várias vezes (reinstalando o Windows 7 no mesmo hardware porque o SpyWare o arruinou além do reparo, ou o disco rígido falhou {e somente o novo disco rígido foi o equipamento diferente}).
Se houver muitas alterações de hardware, você terá a opção de fazer uma ligação gratuita para o Centro de Ativação da Microsoft, que fica aberto 24 horas por dia, 7 dias por semana, onde a equipe poderá Ajudá-lo a fazê-lo, fornecendo-lhe um código de ativação que funcionará.