Depende. Eu vi um makefile incluir arquivos <system>.inc para configurações específicas do sistema. Antes de compilar, você precisa ter certeza de que o .inc correto é usado para o sistema em que você está.
Também é comum ter configurações de projeto em .inc files, quando há vários sub-makefiles para um projeto (um por diretório).
Ele também é usado para compartilhar códigos comuns de makefiles em diferentes projetos.